本件はKB811464としてMicrosoftが認識している問題です。
OSが複数のUSBコントローラ（M/Bオンボード＆USB機器）から、ほぼ 同時期のタイミングで送られてくる信号の授受に失敗することがあるという問題で、この場合USB機器は再起動しても通電状態が途切れないため回復しません。
この症状が見られる場合には、PCの電源を落とした後にPCの電源ケーブルを抜き、そのまま30秒程度放置してください。この作業でPC内の電気が放電され、再度電源を入れたときにマルチカードリーダを再認識するプロセスに入ります。